ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետը հիմնադրել է բանասիրության փիլիսոփայության դոկտոր, պրոֆեսոր Շահե արքեպիսկոպոս Աճեմյանը 1995 թ․։ Ֆակուլտետը Հայաստանում աստվածաբանության, կրոնագիտության եկեղեցաբանության մասնագետների պատրաստման եզակի կենտրոն է։ Սկզբում այն ուներ երկու ամբիոն՝ Աստվածաբանության ու Կրոնի պատմության տեսության։ 2007 թ. ստեղծվել է նա Հայ եկեղեցու պատմության եկեղեցաբանության ամբիոնը, որը 2022 թ․ միավորվել է Աստվածաբանության ամբիոնին։
Ֆակուլտետում գործում է ուսուցման եռաստիճան համակարգ՝ բակալավրիատական, մագիստրոսական ասպիրանտական։
Ֆակուլտետում դասավանդում են հանրապետության անվանի ու առաջատար մասնագետներ, որոնք ծավալում են գիտամանկավարժական ակտիվ գործունեություն։ Ֆակուլտետի դասախոսները՝ որպես հրավիրյալ մասնագետներ, դասախոսություններ են կարդում արտերկրի համալսարաններում, վերապատրաստումներ են անցնում միջազգային հեղինակավոր ուսումնական գիտական հաստատություններում։
ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետում տպագրվում է «Աստվածաբանական կրոնագիտական հոդվածների ժողովածուն», որտեղ հրատարակվում են թե՛ ԵՊՀ-ի թե՛ հանրապետության մյուս բուհերի գիտնականների աշխատանքները։
Ֆակուլտետը սերտ համագործակցում է Եվրոպական մի շարք համալսարանների, հատկապես Մարտին Լյութերի անվան համալսարանի հետ (Գերմանիա)։ Ֆակուլտետի շրջանավարտները հնարավորություն ունեն ուսումը շարունակելու այս համալսարանում։
Ֆակուլտետում պարբերաբար դասախոսություններով հանդես են գալիս Ֆրանսիայի, Գերմանիայի եվրոպական այլ երկրների հրավիրյալ մասնագետներ։
Ուսանողները հնարավորություն ունեն ստանալու մանկավարժի որակավորում՝ մասնակցելով մանկավարժական կրթաբլոկի դասընթացներին (վճարովի հիմունքով)։ Ուսանողների մասնագիտական պրակտիկան կազմակերպվում է ՀՀ ԳԱԱ հնագիտության ազգագրության ինստիտուտում Հայաստանի պատմամշակութային տարբեր վայրերում։ Ուսանողական առօրյան առավել հետաքրքիր է դառնում ուսանողական կառույցների ակտիվ գործունեության շնորհիվ։
Աստվածաբանության ֆակուլտետում գործում է եզակի մատենագրությամբ «Աճեմյան» գրադարանը։
Աստվածաբանության ֆակուլտետի տարբեր տարիների շրջանավարտներ աշխատում են ՀՀ պետական համակարգի մի շարք ոլորտներում, գիտական, կրթական, մշակութային այլ բնագավառներում։